V roku 2013 bol tento druh vyhlásený za plne chránený prostredníctvom dekrétu ministra pre námorné veci a rybné hospodárstvo. Napriek tomu však nízka úroveň informovanosti o ochrane týchto žralokov a slabá výkonnosť v prosadzovaní zákonov vedú k prípadom neúmyselného chytania. Avšak táto situácia sa mení vďaka vzdelávaniu miestnych zainteresovaných strán a výskumným programom v oblasti, ktoré zahŕňajú označovanie žralokov a úpravu rybárskeho vybavenia. Miestni rybári kontaktujú vedcov z organizácie Conservation International, keď veľrybí žralok neúmyselne skončí v ich sieťach. Potom sa žraloky označia satelitným vysielačom, ktorý sleduje ich pohyb počas dvoch rokov.
Výsledky z označených jedincov ukazujú, že žraloky veľrybie nie sú tak migratórne, ako sa predtým myslelo, pretože sa často vrátia do "domovských vôd" po niekoľkých týždňoch, a to bez známych dôvodov. Počas výskumnej činnosti sa tiež vykonávajú zdravotné prehliadky a odbery krvi, pričom jedným z kritických problémov je prítomnosť mikroplastov.
Väčšina pozorovaní žralokov veľrybích sa uskutočňuje v známych pobrežných oblastiach, kde sa žraloky zhromažďujú na hladine. Preto sa žralok veľrybí stal lukratívnym podnikaním v Indonézii, zvyšujúcim príjem miestnych komunít, ako napríklad v Národnom parku Teluk Cendrawasih a v zálive Saleh. Turisti tu majú možnosť plávať medzi žralokmi, ale musia dodržiavať pravidlá pre interakciu s nimi.
Ak sa rozhodnete plávať so žralokmi veľrybími , dodržiavajte tieto pokyny, aby ste ich neohrozili. Za žiadnych okolností sa ich nedotýkajte, nejazdite na nich a podobne. Nechajte ich plávať prirodzene a udržiavajte vzdialenosť aspoň tri metre od hlavy a štyri metre od chvosta. Ak chcete robiť fotografie, uistite sa, že nepoužívate vybavenie, ktoré by ich mohlo rušiť, ako napríklad blesk alebo ponorné skútre. Ak ich fotíte, majte na pamäti, že môžete prispieť k globálnej fotografickej databáze a vizuálnej databáze žralokov veľrybích , ktoré sa identifikujú na základe vzoru ich kože tesne za žabermi. Podobne ako ľudské odtlačky prstov, tento jedinečný vzor škvŕn umožňuje identifikáciu jednotlivých žralokov. Výskumníci využívajú špecializovaný softvér pôvodne navrhnutý pre mapovanie hviezd na identifikáciu jednotlivých žralokov na základe fotografií od vedcov, výskumníkov, potápačov, miestnych rybárov, turistov a iných občianskych vedcov. Wildbook for Whale Sharks umožňuje sledovať tieto žraloky aj po dosiahnutí dospelosti. Vďaka tejto databáze môžeme sledovať, či sa niektorý žralok objaví v Austrálii, Galapágach alebo v akomkoľvek inom kúte sveta.